Review: Being Mortal - Medicine and What Matters in the End

Being Mortal: Medicine and What Matters in the End (2014) merupakan buku keempat yang saia ikuti dari Atul Gawande, seorang penulis sekaligus juga dokter bedah endokrin di Amerika. Buku ini muncul setelah kemunculan tiga buku sebelumnya yang berjudul Complications: A Surgeon's Notes on an Imperfect Science (2002); Better: A Surgeon's Notes on Performance (2007); dan The Checklist Manifesto: How to get Thing Right (2009).

Sebenarnya buku ini saia pesan secara online sejak Desember 2014 lalu, jadi agak telat sih karena baru diselesaikan sepuluh bulan kemudian. Buku yang saya beli memiliki format hardcover dengan harga 300.000 rupiah. Sebagai informasi, baru-baru ini (3/10/2015) saia melihat buku tersebut telah tersedia di toko buku Periplus Mal Kelapa Gading dalam format paperback. Saya lupa harganya berapa, tapi kalau di cek secara online harganya 215.000 rupiah. So, bagi yang berminat bisa segera membeli, namun bagi yang masih ragu-ragu mungkin bisa tahu sedikit melalui review ini.

Buku ini memiliki dimensi 22,5 x 14 cm dengan tebal vii + 283 halaman. Isi dari buku ini terdiri atas: Introduction; 1 - The Independent Self; 2 - Things Fall Apart; 3 – Dependence; 4 – Assistance; 5 – A Better Life; 6 – Letting Go; 7 – Hard Conversations; 8 – Courage; Epilogue. Gaya penulisannya mirip seperti pada judul-judul sebelumnya yakni dengan pemaparan kasus yang dilanjutkan dengan pengembangan inti dari kasus tersebut beserta dengan penawaran solusinya. Akhir dari setiap bab juga dilengkapi dengan bagaimana hasil  dari penerapan solusi yang ditawarkan tersebut. Bab 2 - Things Fall Apart dan 5 - Letting Go telah dipublikasikan lebih dulu di majalah The New Yorker dan kembali dimuat di dalam buku ini.

Rangkaian bab yang ada di dalam buku ini seluruhnya merujuk pada satu tema di dalam dunia kedokteran, yakni bagaimana dunia kedokteran menyikapi penuaan dan kematian. Tentu saja, setiap manusia pada akhirnya pasti akan mati. Namun bagaimana sikap para dokter dalam menyikapi fakta bahwa pasiennya akan mengalami hal tersebut dan menyertai segala prosesnya hingga akhir menjadi isu yang dibahas di dalam buku ini. Pada kenyataannya, di bagian Introduction penulis memaparkan pengalamannya selama kuliah bahwa dia tidak banyak belajar mengenai penanganan penuaan dan kematian di dalam dunia kedokteran. Referensi yang didapatkannya tidak banyak mengurai tentang bagaimana bidang tersebut menangani penuaan, pelemahan, dan kematian; hal-hal yang pastinya akan dihadapi oleh sebagian besar manusia di dunia ini.

Bab 1 mengangkat perbedaan mengenai gaya hidup antara masyarakat dunia timur dan barat pada umumnya. Salah satu contoh yang digunakan penulis pada bab ini adalah kakeknya sendiri, Sitaram Gawande yang hidup di daratan India. Penulis menerangkan bahwa masyarakat timur  memiliki budaya generasi muda menyokong generasi yang tua. Hal ini tentunya membuat para orang  tua sering  terlihat hidup bersama dengan salah satu anak mereka dan terus disokong selama menjalani masa tua hingga pada akhirnya mereka meninggal. Budaya ini tampak berlawanan dengan gaya hidup di dunia barat, dimana anak-anak yang telah besar dan sudah berpenghasilan cenderung menetap terpisah dari keluarganya. Dengan demikian, di dunia barat sering didapatkan bahwa para orang tua seringkali hidup sendiri dengan hanya sesekali dikunjungi oleh anak-anaknya serta banyak panti jompo untuk menampung mereka yang sudah tidak mampu lagi untuk hidup secara mandiri. Fenomena yang berhubungan dengan penuaan seperti pikun, gemetar, dan bahkan terjatuh cenderung menghantui mereka yang hidup sendirian di rumah dan tidak jarang menjadi salah satu penyebab kematian yang cukup besar di kalangan orang tua.

Bab 2 memulai ceritanya tentang perubahan kurva kehidupan seseorang seiring dengan semakin majunya dunia kedokteran. Pada jaman dahulu, kematian datang seperti layaknya pemburu tanpa ampun yang siap memburu siapa saja yang lengah. Kematian itu dapat datang dalam berbegai bentuk seperti penyakit infeksi, patah tulang, gegar otak, kanker dan lainnya. Satu hal yang pasti, begitu dia datang, kecil kemungkinan korbannya akan selamat. Di masa sekarang dengan semua kemajuan ilmu dan teknologi kedokteran, kita telah dapat menunda kematian. Mulai dari pemasangan alat pacu jantung, bedah rekonstruksi, berbagai macam antibiotik, hingga kemo- atau radioterapi untuk memerangi kanker. Semua teknologi tersebut telah mengubah kurva kehidupan seseorang, khususnya pada fase penuaan dan kematian, dari penurunan tajam kualitas hidup menjadi penurunan yang agak melandai seiring dengan waktu. Namun bagaimana kita sebagai manusia menghadapi perubahan ini akan diceritakan di dalam kasus Alice Hobson yang sebelumnya telah dipaparkan pada Bab 1.

Bab 3 hingga bab 5 menceritakan bagaimana seseorang di dalam masa tuanya menghadapi kenyataan bahwa dirinya semakin tidak mampu untuk hidup secara mandiri. Tentu saja, kasus yang dibawakan pada ketiga bab tersebut menggunakan model budaya barat. Seiring dengan penuaan dan ketidakmampuan untuk hidup secara mandiri, orang-orang tua disana harus menghadapi kenyataan bahwa mereka harus disokong bagaimanapun caranya. Bentuk sokongan terhadap orang-orang tua yang cukup lazim disana adalah mendaftarkan mereka ke panti jompo (nursing home). Namun demikian, kesimpulan yang diangkat dari beberapa kasus yang dibahas menyatakan bahwa sebagian besar orang tua tidak menyukai hidup di panti jompo. Alasan mereka beragam, namun semuanya bermuara pada satu hal, yakni kehilangan privasi serta kendali dan otonomi atas sekitarnya. Mereka adalah orang tua, namun ketika mereka tidak mampu untuk mandiri tidak semestinya mereka diperlakukan seperti anak kecil. Beberapa perbaikan mulai dari kebijakan pemerintah hingga pendirian pusat perawatan orang tua alternatif mulai bermunculan sebagai reaksi atas ketidakpuasan mereka yang hidup di panti jompo. Beberapa bahkan cukup radikal seperti memperbolehkan orang tua untuk memelihara binatang, melatih berjalan dengan menggunakan tongkat dibandingkan kursi roda, dan menggabungkan tempat perawatannya dengan sekolah dasar dimana para orang tua dapat menjadi mentor paruh waktu. Hasil yang didapatkan dari penyimpangan tersebut cukup mengejutkan, mulai dari penurunan kebutuhan obat-obatan, rawat inap, unit gawat darurat dan perawatan medis lainnya.

Bab 6 memfokuskan cerita tidak pada orang tua, namun pada mereka yang mengalami penyakit serius atau dengan kata lain, mereka yang sudah ditentukan umurnya oleh para dokter. Bab ini mengangkat kasus salah satu pasien bernama Sara Monopoli, seorang calon ibu yang mengalami kanker paru-paru stadium lanjut yang telah bermetastasis. Dengan diagnosisnya itu, dia menjalani tiga tahapan kemoterapi yang ternyata sia-sia dalam mengobati kankernya. Menghadapi kenyataan ini dia dan suaminya dihadapkan pada dua pilihan, apakah untuk melanjutkan kemoterapi lainnya atau menjalani perawatan di rumah. Fokus utama dari bab ini menitikberatkan pada pengambilan keputusan baik bagi dokter maupun pasien, dimana dalam situasi tersebut haruskah mereka melanjutkan atau menyerah. Dokter, dengan pendidikan dan pengalamannya jelas tidak akan kehabisan cara untuk menangani pasien seperti Sara Monopoli. Dia dapat menawarkan berbagai obat kemoterapi sambil menyodorkan data-data terkair peluang keberhasilannya. Jadi jelas, pengambil keputusan utama terletak di tangan pasien. Namun apa yang perlu menjadi pertimbangan untuk mengambil keputusan menyangkut hidup dan mati ini? Menurut saia, bab ini merupakan bab yang paling menyentuh, sebab pada akhirnya baik Sara ataupun keluarganya sudah tidak kuat menghadapi penderitaan yang ditimbulkan dari berbagai penanganan medis yang dilakukan. Akhir kata, mereka memutuskan untuk hanya merawat Sara dan mengijinkan waktu untuk mengambilnya. Di akhir bab, Sara hanya ditemani oleh suaminya, Rich, yang sesaat sebelum kematiannya membisikkan “it’s okay to let go. You don’t have to fight anymore. I will see you soon.” Setelah itu, pada esok paginya nafas Sara semakin melambat dan pada akhirnya berhenti.

Bab 7 dan 8 membahas kaitan antara hubungan antara pasien dengan dokter. Kedua bab ini juga tidak kalah menyentuhnya karena penulis membahas tentang ayahnya sendiri, Atmaram Gawande. Bab 7 menceritakan bahwa ayahnya didiagnosis mengalami tumor pada saraf spinal dan diperlukan tindakan operasi. Mereka kemudian berkonsultasi pada dua ahli bedah saraf terkemuka. Keduanya menyarankan untuk tindakan operasi, namun dokter pertama ingin tindakan itu segera dilakukan dengan segala resikonya, sementara yang kedua ingin mempertimbangkannya lebih lanjut dengan pasien sebelum operasi dilakukan. Pada kasus ini diceritakan bahwa dunia kedokteran kebanyakan memiliki dua golongan dokter. Golongan pertama adalah “Dr.Knows-Best” yang cenderung hanya mendengarkan pendapatnya sendiri tanpa mempertimbangkan keinginan pasien. Pada sisi seberang terdapat golongan kedua, yakni “Dr.Informative” yang memberikan segala pilihan berikut resikonya dan kemudian membiarkan pasien yang memilih. Namun demikian, dokter yang diharapkan oleh pasien jatuh pada golongan ketiga, yakni “Dr.Interpretive” yang memberikan pilihan sambil memandu proses pemilihannya berdasarkan prioritas yang dibuat oleh pasien. Menjadi dokter  dari golongan ketiga ini tidaklah mudah karena terkadang beberapa pertanyaan sensitif harus diutarakan selama memandu pasien dalam menentukan pilihan. Beberapa pertanyaan seperti apa yang sangat diinginkan oleh pasien di dalam hidup, resiko apa yang sanggup diterima oleh pasien jika operasinya berjalan lancar atau tidak lancar, hingga pada perpisahan seperti apakah yang diinginkan jika ruang operasi menjadi tempat terakhir di masa hidupnya.

Hal tersebut dilalui oleh penulis dan juga ayahnya dengan lancar, namun diceritakan bahwa komplikasi muncul beberapa bulan kemudian akibat perkembangan tumornya. Di akhir bab 8, diceritakan bahwa ayahnya memilih untuk dirawat di rumah dengan bantuan hospice (saia kesulitan menerjemahkan istilah ini) seiring dengan kondisi kesehatannya yang semakin menurun. Pertimbangannya, ayahnya lebih memilih untuk menikmati sisa hidupnya di tempat yang dia anggap sebagai rumah (home) dikelilingi oleh orang-orang yang dia cintai. Pada akhirnya ayahnya meninggal di tempat tidur dikelilingi oleh istri dan anak-anaknya.

Bagian epilog menjadi penutup sekaligus merangkum seluruh inti cerita dari buku ini. Dalam kesimpulannya, dunia kedokteran masih cukup awam ketika berhadapan dengan penuaan dan kematian. Bidang-bidang terkait seperti studi gerontologi, manajemen perawatan paliatif, serta fasilitas perawatan hospice dipandang masih cukup minim jika  dibandingkan dengan bidang studi kedokteran lainnya. Ke depannya, hal-hal  seperti ini tentu menjadi lebih dibutuhkan seiring dengan keinginan setiap manusia untuk selalu menjadi berarti bagi dirinya dan juga sekelilingnya pada saat mereka hidup hingga menjelang kematiannya. Akhir dari cerita menuliskan bahwa ayahnya dikremasi dan abunya ditaburkan ke sungai Gangga di India.

Victor.

Review: The Sixth Extinction - An Unnatural History

Pertama kali saia melihat buku ini di situs Amazon dan sepertinya buku ini cukup menarik berdasarkan uraian singkatnya. Keberuntungan pun menyertai ketika saia menemukannya di Periplus pada akhir bulan Juli. Lebih beruntung lagi, ketika saya membelinya dengan harga 190.000, ada seseorang yang saya tidak kenal menawarkan point diskon dari toko buku tersebut seharga 50.000 sehingga saya hanya perlu membayar 140.000 saja. Buku ini ditulis oleh Elizabeth Kolbert dan diterbitkan oleh Bloomsbury dalam bahasa Inggris (saya rasa belum ada terjemahan Indonesia-nya), tebalnya xii + 320 halaman, dan terdiri atas 13 bab. Bab tersebut terdiri dari:

 

I. The sixth extinction

II. The Mastodon’s molars

III. The original penguin

IV. The luck of ammonites

V. Welcome to the Anthropocene

VI. The sea around us

VII. Dropping acid

VIII. The forest and the trees

IX. Islands on dry land

X. The new Pangaea

XI. The Rhino gets an ultrasound

XII. The madness gene

XIII. The things with feathers

Bab-bab tersebut menurut saia dapat dikelompokkan ke dalam tiga tema, yakni: (i) sejarah dan pandangan mengenai kepunahan massal yang diuraikan pada bab I hingga bab IV; (ii) aktivitas manusia dalam merubah lingkungan sekitarnya yang kemudian berlanjut ke seluruh biosfer pada bab V hingga bab X; dan (iii) dampak ekologis yang ditimbulkan manusia sejak dari kemunculan spesiesnya hingga sekarang pada bab XI hingga XIII.

Gaya penulisan di dalam buku ini sangat menarik dan mengundang rasa ingin tahu. Penulis sangat mampu mengombinasikan konteks biologi, paleontologi, ekologi serta etika dalam sebuah keutuhan buku secara menyeluruh, mendalam, sekalius juga sangat bisa diikuti oleh pembaca umum. Pembaca yang kurang familiar dengan geologi dan paleontologi dapat menengok pada halaman 271 yang memberikan gambaran rentang waktu geologis (zaman, masa, kala) yang disertai dengan penandaan terjadinya lima kepunahan massal terbesar.

Dari segi isi buku, bab I hingga IV memberikan sejarah dan pandangan mengenai bagaimana munculnya ide tentang adanya kepunahan massal. Cerita tersebut dimulai dari penurunan tajam populasi Panamanian golden frog (Atelopus zateki) akibat infeksi jamur chytrid yang menjadi sebuah epidemi disana. Fenomena ini kemudian dilanjutkan dengan sejarah antara pandangan Catastrophism yang dikemukakan oleh George Cuvier dan pandangan Uniformintarian yang dikemukakan oleh Charles Lyell. Penemuan yang dilakukan oleh Darwin selama perjalanannya bersama kapten FitzRoy tampak mendukung pandangan Lyell dimana spesies berubah secara perlahan dan gradual. Adanya “kepunahan” suatu spesies hanya merupakan skala kecil dan merupakan bagian dari proses seleksi alam terhadap spesies yang kurang fit  terhadap lingkungannya. Pandangan ini sepertinya ditantang oleh penemuan Walter Alvarez tentang adanya objek ekstraterestrial (asteroid) yang menjadi penyebab kepunahan massal dinosaurus (kepunahan akhir zaman Mesozoik) yang dipublikasikan pada tahun 1980. Setelah membaca keempat bab pertama ini, saia kemudian bertanya apakah kepunahan massal benar-benar akan terjadi? Jika terjadi, apakah akan se-dramatis seperti tabrakan asteroid yang menghilangkan seluruh dinosaurus di muka bumi itu?

Berlanjut ke bab V hingga bab X, saia disuguhkan dengan berbagai aktivitas manusia yang dipandang memicu kepunahan masal tersebut. Hal-hal tersebut meliputi pembakaran bahan bakar fosil yang memicu pemanasan global, pengasaman laut, deforestasi hutan, hingga distribusi (baik sengaja atau tidak sengaja) biodiversitas dalam skala global. Dampak dari seluruh aktivitas tersebut dapat seperti yang kita bayangkan, mulai dari perubahan komposisi dan distribusi spesies di dalam ekosistem, menurunnya organisme calcifier (penghasil cangkang karbonat) laut akibat penurunan titik jenuh kalsium karbonat terlarut karena pengasaman, pemusnahan ratusan spesies akibat deforestasi hutan tropika, hingga kemunculan spesies invasif yang sulit dikontrol persebarannya. Dari sini, saia mendapat gambaran bahwa kepunahan massal itu tidak hanya dipandang dari skalanya, namun juga lajunya. Ketika perubahan lingkungan itu jauh lebih cepat daripada kemampuan adaptasi organisme, maka banyak yang akan punah.

Bab XI hingga XIII mencoba menelusuri sejarah kecenderungan manusia modern yang berpotensi menjadi agen penyebab kepunahan massal. Uraian dalam ketiga bab tersebut menuliskan bahwa kehadiran spesies manusia modern berkorelasi kuat dengan kepunahan berbagai spesies di masa lalu, mulai dari kepunahan berbagai megafauna hingga kerabat terdekatnya sendiri (Homo neanderthalensis, Homo floresiesis, dan Denisovans). Masih belum jelas apakah manusia menjadi penyebabnya, karena korelasi tidak berarti kausalitas. Pada bab terakhir juga disinggung usaha-usaha yang sekarang ini dikembangkan untuk “mempertahankan” biodiversitas global di berbagai kebun binatang di Amerika. Salah satunya adalah dengan mengoleksi kultur sel dari berbagai spesies dengan spesies yang hampir punah sebagai prioritasnya. Apakah usaha tersebut menjadi sebuah jawaban terhadap kesadaran manusia bahwa kita sekarang sedang menjalani kepunahan massal keenam? Well, silahkan dibaca di bukunya dan simpulkan sendiri.

Victor

Sebuah Tulisan Bioinformatika – Menujum Motif Urutan

Melanjutkan dari topik tulisan sebelumnya, kali ini saia ingin membahas salah satu aplikasi pemodelan statistik urutan yang banyak dipakai dalam dunia bioinformatik. Yaa seperti judul yang tertera, aplikasi tersebut adalah menujum atau memprediksi motif urutan…hahaha. Jadi, setelah teman-teman membaca tulisan ini, saia berharap setidaknya teman-teman punya gambaran tentang bagaimana menjadi seorang ahli nujum bioinformatika itu. Yasuda, kita mulai saja yak.

Asal muasal dari munculnya ilmu nujum motif urutan ini berawal dari dua faktor, yakni kemelimpahan data urutan namun sedikit yang mengurus dan keterbatasan teknologi untuk membuktikan informmasi yang terkandung di dalam urutan. Yaa seperti yang kita tahu dalam pelajaran biologi molekular, sebuah genom pada organisme itu mengandung seluruh informasi yang mencakup ekspresi gen, regulasi ekspresi gen, dan juga yang tidak memiliki informasi sama sekali alias DNA sampah. Nah impian para ahli biologi molekuler adalah mengungkap seluruh informasi tersebut di dalam urutan DNA dan protein. Untuk apa? “Mengungkap rahasia alam”, katanya “…dan mendapat hadiah Nobel”, sambungnya. Caranya sebenarnya mudah saja. Untuk setiap potongan atau genom secara keseluruhan, lakukan pengujian:

• Apakah segmen ini menghasilkan protein atau tidak
•  Apakah segmen itu mengatur penghasilan protein atau tidak
• Apakah segmen ini itu memiliki fungsi atau tidak

Yaa..kira-kira begitulah. Tapi lantas kenapa kita perlu mempelajari ilmu nujum ini jikalau solusinya begitu sederhana? Saia punya 3 kata untuk menjawab hal itu: SULIT, MAHAL, dan LAMA. Jadi daripada kita langsung melakukan pengujian untuk seluruh genom secara membabibuta, ada baiknya kita mencari wangsit dulu mengenai baiknya segmen mana yang harus diuji…hehehe.

Oke, jadi apa yang dimaksud dengan motif? Motif adalah sebuah segmen pada urutan dengan pola tertentu pada sejumlah urutan dan biasanya mengindikasikan fungsi tertentu. Dalam prediksi motif ini, kita memberlakukan dua asumsi untuknya: (i) motif merupakan segmen dengan panjang tertentu yang bersifat tetap antar urutan satu dengan lainnya dan (ii) motif terdapat di seluruh urutan yang digunakan dalam proses prediksinya. Dengan kata lain, jika kita dapat mencari segmen motif ini, hal tersebut dapat mengantarkan kita lebih cepat mengenai pengungkapan fungsi suatu daerah di dalam DNA atau protein dan karena sebab inilah prediksinya menjadi penting. Dengan semakin melimpahnya data urutan DNA dan protein, prediksi motif menjadi semakin mungkin untuk dilakukan dan hasil yang diberikan pun semakin akurat. Terdapat dua kelompok metode yang digunakan untuk memprediksi motif ini. Kelompok metode pertama menggunakan pendekatan berbasis jajaran urutan banyak sedangkan kelompok kedua menggunakan pendekatan tanpa jajaran urutan. Hmm…mungkin jajaran urutan sudah terlalu mainstream tampaknya.

Saia rasa kelompok pertama mungkin akan lebih familiar dalam bayangan teman-teman. Dua jenis metode yang menggunakan pendekatan ini adalah metode ekspresi regular dan metode model statistik. Metode ekspresi regular memprediksi motif dengan terlebih dahulu membuat konsensus dari segmen di dalam jajaran yang dianggap memiliki pola tertentu (Gambar 1). Terkait dengan ekspresi regular ini terdapat beberapa aturan penulisan yang harus dipatuhi. Setiap karakter di dalam motif harus dipisahkan dengan tanda “–”. Sebuah posisi yang hanya ditempati oleh satu jenis residu saja dituliskan dengan menggunakan residu yang bersangkutan. Apabila posisi tersebut ditempati oleh lebih dari satu residu, maka redisu yang bersangkutan dituliskan menggunakan tanda kurung kotak [ ]. Kemudian, jika sebuah posisi memiliki seluruh kecuali satu residu saja, maka residu yang bersangkutan dituliskan menggunakan tanda kurung kurawal { }. Posisi yang tidak memiliki residu yang spesifik dituliskan dengan tanda N (untuk urutan DNA) atau X (untuk asam amino). Jumlah repetisi dari sebuah pola dituliskan menggunakan tanda kurung ( ).

Gambar 1. Contoh motif yang dihasilkan dari jajaran urutan.

Jadi, bermodalkan ekspresi regular ini, kita mencari motif yang direpresentasikannya di dalam urutan lainnya. Ketemu? Bisa ya bisa tidak. Ya jika memang terdapat segmen dengan pola serupa dengan ekspresi reguler dan tidak jika segmennya berbeda. Pada kebanyakan kasus, ternyata motif itu agak fleksibel dan agak sulit jika sebuah motif harus mengikuti persis seperti yang ada di ekspresi regular. Pengembangan lebih lanjut untuk mengatasi masalah ini adalah dengan menggunakan pemodelan statistik, yakni memodelkan jajaran segmen bukan sebagai sebuah ekspresi reguler, namun sebagai profil urutan. Pemodelan statistik yang digunakan bisa berupa PSSM atau HMM (baca tulisan sebelumnya), namun HMM lebih umum digunakan.

Selesai cerita? Tidak juga. Walaupun HMM itu hebat, namun akurasi dari metode model statistik tersebut sangat bergantung dari kualitas jajaran urutan yang dihasilkan. Padahal pada tulisan yang sebelum-sebelumnya kita mengetahui bahwa sebuah jajaran urutan banyak dihasilkan menggunakan metode heuristik yang tidak menjamin akurasinya. Selain daripada itu, seandainya jajarannya cukup akurat sekalipun, kelompok metode berbasis jajaran ini agak sulit dalam mengakomodasi urutan yang berkerabat jauh. Jika urutan-urutan berkerabat jauh tersebut dimasukkan ke dalam pemodelan, maka besar kemungkinan prediksi motif yang dihasilkan akan banyak mengandung hasil positif semu, yakni urutan yang dianggap sebagai motif padahal sebenarnya tidak.

Jika memang begitu keadaannya, berarti apakah ada metode prediksi motif yang tidak mengandalkan jajaran urutan banyak sebagai masukan datanya? Untungnya di jaman serba ada ini, jawabannya ya ada (kalau ngga ya bubar deh, ga jadi posting tulisan ini). Oke, sekarang kita memasuki pendekatan kedua, yakni kelompok metode prediksi motif tanpa jajaran urutan. Konon katanya, metode dalam kelompok ini diilhami oleh permainan dadu loh. Ada tiga metode yang tergolong ke dalam kelompok ini, yakni randomized algorithm, expectation maximization (EM), dan Gibbs sampling. Pendekatan yang dilakukan ketiga metode ini sebenarnya mirip satu dengan lainnya, yakni pendekatan berbasis perulangan (iterasi) dengan perbaikan dari fase satu ke fase berikutnnya. Inspirasi dari kelompok metode ini adalah, jika iterasinya dilakukan cukup banyak, mungkin jutaan kali, yaaa mungkin saja motif umum antar urutan bisa ditemukan. Cukup…optimistis kan? Heheheh. Nah coba lihat Gambar 2 dulu deh.

Gambar 2. Skema proses algoritma expectation maximization (EM).

Saia tidak ingin membahas detil prosesnya yang cukup panjang, namun saia ingin fokus kepada optimisme yang saia sebutkan barusan. Well, mengapa si pembuat algoritma tersebut bisa begitu optimis bisa menemukan motif umum antar urutan hanya dengan mengulang-ulang pencarian? Kita melihat proses yang tampaknya sia-sia ini karena kita memiliki asumsi bahwa keteracakan posisi antar urutan satu dengan lainnya. Agak mustahil sepertinya untuk mencari pola umum tanpa menjajarkan posisi antar urutan terlebih dahulu. Namun demikian, satu hal yang perlu kita yakini dalam al inni adalah, pola umum yang tersemat sebenarnya membuat seluruh urutan tersebut menjadi tidak acak seluruhnya. Hal ini akan tergambarkan dalam statistik frekuensi posisi jika kita membuat profil dari segmen yang diambil dari masing-masing urutan, sekalipun jika segmen-segmen tersebut dicuplik secara acak. Atas dasar inilah, jika diberikan cukup perulangan maka terdapat kemungkinan bahwa pola umum antar urutan tersebut dapat ditemukan. So, pesan moral dari algoritma ini adalah never give up trying...hohoho.

Hmm…kalau untuk algoritma penujumannya saia rasa segini saja dulu deh. Pada tulisan berikutnya saia ingin memperkenalkan beberapa database yang menggunakan motif dalam pencariannya.

Salam,

KohVic