Sebuah Tulisan Evolusi dan Filogeni - Phylogenetic Inference (Part III)
Oke..dua part sudah terlewati setelah bercerita tentang tahapan-tahapan yang diperlukan dalam rekonstruksi pohon filogeni, yakni perhitungan branch length dan topologi pohon. Nah pada part ketiga sekaligus yang terakhir dari Phylogenetic Inference ini saia ingin sedikit mengenalkan tentang program-program komputer yang dipakai dalam menghasilkan pohon tersebut. Jadi kalau sudah membaca dua part sebelumnya, jangan sekali-kali membayangkan kalau kita mencari 1 pohon diantara jutaan pohon secara manual. Inget deh, jangan sekali-kali dibayangkan...nanti bisa gak nafsu makan tuh.
Oke kita mulai saja. Program-program yang umumnya dikenal dan digunakan dalam rekonstruksi pohon filogeni meliputi:
1. PHYLIP (Phylogenetic Inference Package)
Ini merupakan program pertama yang dikenalkan pada saia ketika belajar rekonstruksi pohon. Yup program ini diciptakan oleh Oom Joe Felsenstein dan mengandung algoritme yang cukup lengkap untuk perhitungan branch length maupun topologi pohon. Algoritme rekosntruksi pohon meliputi NJ, ME, MP, dan ML. Sistem pengoperasiannya bertipe DOS-prompt executable yang dapat langsung diluncurkan pada folder exe.
Download source: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
2. MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)
Program besutan Oom Masatoshi Nei dan Oom Sudhir Kumar ini pertama kali diluncurkan tahun 1993. Hingga sekarang ini program MEGA sudah mencapai versi 5.0. Menurut saia program ini cukup lengkap, menawarkan menu Alignment, rekonstruksi pohon, analisis molecular clock, analisis komposisi urutan DNA/asam amino, pencarian model evolusi, dan lainnya. Operasionalnya juga cukup mudah karena sudah terintegrasi dengan Windows, Mac, atau Linux serta dapat disinergikan dengan program lainnya seperti ClustalX.
Download source: http://www.megasoftware.net/
3. IQPNNI (Important Quartet-Puzzling and Nearest Neighbor-Interchange Operation)
Merupakan program rekonstruksi pohon menggunakan data DNA maupun protein yang memaksimalkan pencarian pohon optimal menggunakan beberapa algoritme tambahan. Program ini mencari important quartets (IQ) untuk menghasilkan beberapa kandidat pohon dan kemudian diuji dengan metode heuristik untuk pencarian pohon terbaik. Program ini termasuk cepat jika dibandingkan program lain dalam rekonstruksi pohon filogeni.
Download source: http://www.cibiv.at/software/iqpnni/
4. MrBayes
Nah ini dia sijalijali. Program ini dinobatkan oleh mereka sebagai program rekonstruksi pohon terbaik sejagad yang saia juga tidak tahu mengapa bisa seperti itu. Pokoknya kalau rekonstruksi pohon tidak menggunakan Bayesian (dalam program MrBayes), artinya ente tidak gaul..hahaha. Program ini menggunakan metode Markov Chain (semacam metode likelihood) untuk mencari topologi pohon yang paling sesuai dengan data kemudian diuji secara statistik untuk menentukan tingkat kepercayaannya.
Download source: http://mrbayes.sourceforge.net/
5. TreeView
Ini bukan program rekonstruksi pohon, tapi tanpa program ini ente gak bisa menampilkan pohon yang dihasilkan. Yaa singkatnya ini hanyalah program untuk visualisasi pohon yang dihasilkan.
Download source: http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
Em, sebenarnya masih banyak program lainnya untuk rekonstruksi pohon seperti PAUP*, Tree Puzzle, RDP, dan lainnya. Tapi saia juga belum bisa menuliskannya disini karena saia belum mencobanya. Bahkan saia juga masih agak bingung dalam menuliskan deskripsi dari program yang saia gunakan dalam tulisan ini. Yaa semoga saja itu artinya bisa menggelitik teman-teman untuk mempelajari lebih lanjut tentang konsep dan kegunaan program-program ini.
Bagi yang mau download dan mempelajari program lainnya bisa disini:
- PAUP* (Phylogenetic Analysis Using Parsimony) = http://paup.csit.fsu.edu/
- Tree Puzzle = http://www.tree-puzzle.de/
- HyPhy (Hypothesis testing using Phylogenies) = http://octamonkey.ucsd.edu/hyphywiki/index.php/Main_Page
So sebagai penutup saia ucapkan SELAMAT MEREKONSTRUKSI FILOGENI ^^/
Regards,
Victor Apriel
Oke..dua part sudah terlewati setelah bercerita tentang tahapan-tahapan yang diperlukan dalam rekonstruksi pohon filogeni, yakni perhitungan branch length dan topologi pohon. Nah pada part ketiga sekaligus yang terakhir dari Phylogenetic Inference ini saia ingin sedikit mengenalkan tentang program-program komputer yang dipakai dalam menghasilkan pohon tersebut. Jadi kalau sudah membaca dua part sebelumnya, jangan sekali-kali membayangkan kalau kita mencari 1 pohon diantara jutaan pohon secara manual. Inget deh, jangan sekali-kali dibayangkan...nanti bisa gak nafsu makan tuh.
Oke kita mulai saja. Program-program yang umumnya dikenal dan digunakan dalam rekonstruksi pohon filogeni meliputi:
1. PHYLIP (Phylogenetic Inference Package)
Ini merupakan program pertama yang dikenalkan pada saia ketika belajar rekonstruksi pohon. Yup program ini diciptakan oleh Oom Joe Felsenstein dan mengandung algoritme yang cukup lengkap untuk perhitungan branch length maupun topologi pohon. Algoritme rekosntruksi pohon meliputi NJ, ME, MP, dan ML. Sistem pengoperasiannya bertipe DOS-prompt executable yang dapat langsung diluncurkan pada folder exe.
Download source: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
2. MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)
Program besutan Oom Masatoshi Nei dan Oom Sudhir Kumar ini pertama kali diluncurkan tahun 1993. Hingga sekarang ini program MEGA sudah mencapai versi 5.0. Menurut saia program ini cukup lengkap, menawarkan menu Alignment, rekonstruksi pohon, analisis molecular clock, analisis komposisi urutan DNA/asam amino, pencarian model evolusi, dan lainnya. Operasionalnya juga cukup mudah karena sudah terintegrasi dengan Windows, Mac, atau Linux serta dapat disinergikan dengan program lainnya seperti ClustalX.
Download source: http://www.megasoftware.net/
3. IQPNNI (Important Quartet-Puzzling and Nearest Neighbor-Interchange Operation)
Merupakan program rekonstruksi pohon menggunakan data DNA maupun protein yang memaksimalkan pencarian pohon optimal menggunakan beberapa algoritme tambahan. Program ini mencari important quartets (IQ) untuk menghasilkan beberapa kandidat pohon dan kemudian diuji dengan metode heuristik untuk pencarian pohon terbaik. Program ini termasuk cepat jika dibandingkan program lain dalam rekonstruksi pohon filogeni.
Download source: http://www.cibiv.at/software/iqpnni/
4. MrBayes
Nah ini dia sijalijali. Program ini dinobatkan oleh mereka sebagai program rekonstruksi pohon terbaik sejagad yang saia juga tidak tahu mengapa bisa seperti itu. Pokoknya kalau rekonstruksi pohon tidak menggunakan Bayesian (dalam program MrBayes), artinya ente tidak gaul..hahaha. Program ini menggunakan metode Markov Chain (semacam metode likelihood) untuk mencari topologi pohon yang paling sesuai dengan data kemudian diuji secara statistik untuk menentukan tingkat kepercayaannya.
Download source: http://mrbayes.sourceforge.net/
5. TreeView
Ini bukan program rekonstruksi pohon, tapi tanpa program ini ente gak bisa menampilkan pohon yang dihasilkan. Yaa singkatnya ini hanyalah program untuk visualisasi pohon yang dihasilkan.
Download source: http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
Em, sebenarnya masih banyak program lainnya untuk rekonstruksi pohon seperti PAUP*, Tree Puzzle, RDP, dan lainnya. Tapi saia juga belum bisa menuliskannya disini karena saia belum mencobanya. Bahkan saia juga masih agak bingung dalam menuliskan deskripsi dari program yang saia gunakan dalam tulisan ini. Yaa semoga saja itu artinya bisa menggelitik teman-teman untuk mempelajari lebih lanjut tentang konsep dan kegunaan program-program ini.
Bagi yang mau download dan mempelajari program lainnya bisa disini:
- PAUP* (Phylogenetic Analysis Using Parsimony) = http://paup.csit.fsu.edu/
- Tree Puzzle = http://www.tree-puzzle.de/
- HyPhy (Hypothesis testing using Phylogenies) = http://octamonkey.ucsd.edu/hyphywiki/index.php/Main_Page
So sebagai penutup saia ucapkan SELAMAT MEREKONSTRUKSI FILOGENI ^^/
Regards,
Victor Apriel
Tidak ada komentar:
Posting Komentar